Bagger-Sørensen Fonden blev stiftet den 5. oktober 1984 på det daværende DANDYs fødselsdag. De første legater blev uddelt året efter på fabrikant Erik Bagger-Sørensens fødselsdag den 24. marts 1985. 

Erik Bagger-Sørensen var 2. generation i Bagger-Sørensen familien. Hans far Holger Sørensen stiftede i 1915 Vejle Caramel- og Tabletfabrik, som senere blev til DANDY.

Fonden hed oprindeligt DANDY Fonden men da Bagger-Sørensen familien i 2002 solgte hovedparten af aktiviteterne i DANDY skiftede Fonden navn til Bagger-Sørensen Fonden. Indtil 2013 var 3. generation Holger Bagger-Sørensen formand for Fonden. Siden har sønnerne Steen og Claus Bagger-Sørensen bestridt formandsposten og nye sygdomsområder har fået fondens bevågenhed. 

I 2020 gik Bagger-Sørensen Fonden over til at være en erhvervsdrivende fond med en ny uddelingspolitik men med den oprindelige fundats, som begunstiger de samme sygdomsområder, som hidtil.