Bagger Sørensen Fonden uddeler hvert år tre kategorier af hæderspriser. Priserne kan ikke ansøges. Bestyrelsen afgør suverænt, hvem der skal tildeles priser, dvs. påskønnelser for en enestående og usædvanlig indsats inden for de 3 interesseområder, der har Fondens bevågenhed:

- det oftalmologiske
- det diabetologiske
- det odontologiske

1.
Bagger Sørensens Fondens store Forskerpris

Prisen, der er på DKK 500.000,- gives til én person hvert år. Prismodtageren må have ydet en elitær forskningsindsats på allerhøjeste internationale niveau objektiviseret ved bibliometrisk analyse. Ingen aldersgrænse, men prismodtageren må fortsat være særdeles forskningsaktiv. Halvdelen af prisen er en personlig hædersgave. Den anden halvdal skal anvendes inden for forskningsområdet.

2.
Bagger Sørensen Fondens talentpriser for yngre forskere

Der uddeles sædvanligvis 3 priser, hver på DKK 50.000,- til forskningstalenter under 40 år. Karakteristisk gives priserne til unge, selvstændige forskere på post.doc-niveau med en omfattende og helt suveræn videnskabelige produktion.

3.
Bagger Sørensen Fondens påskønnelsespriser

Priserne uddeles for en særlig indsats inden for diabetes eller øjen-sygepleje, tandpleje eller ernæring. Priserne er på DKK 25.000,- og gives typisk til sygeplejersker, tandplejere, diætister, fodterapeuter og bioanalytikere, som er mønster/modelskabende inden for deres fagområde.